Biomni:通用生物醫(yī)學(xué)AI智能體
Biomni是斯坦福大學(xué)和基因泰克等機(jī)構(gòu)合作開發(fā)的生物醫(yī)學(xué)工具,能自主完成遺傳學(xué)、基因組學(xué)、微生物學(xué)、藥理學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的復(fù)雜研究任務(wù)。它結(jié)合大語言模型推理和檢索增強(qiáng)規(guī)劃技術(shù),從海量文獻(xiàn)中提取所需工具和數(shù)據(jù),動態(tài)組合執(zhí)行研究流程。測試顯示,該系統(tǒng)在多個生物醫(yī)學(xué)任務(wù)中表現(xiàn)突出,有望提升科研效率并推動臨床應(yīng)用。

Biomni核心部分:
Biomni包括Biomni-E1(統(tǒng)一軟件數(shù)據(jù)環(huán)境)和Biomni-A1(基于環(huán)境的智能體)兩個部分:
Biomni-E1:整合了150個專業(yè)工具、105個軟件包和59個數(shù)據(jù)庫,所有資源都經(jīng)過人工驗(yàn)證。例如,它接入了PDB、OpenTarget等數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)絡(luò)API,同時將部分?jǐn)?shù)據(jù)下載到本地?cái)?shù)據(jù)湖并轉(zhuǎn)為結(jié)構(gòu)化格式。
Biomni-A1:采用三項(xiàng)關(guān)鍵技術(shù)——大語言模型驅(qū)動的工具篩選、以代碼作為通用執(zhí)行接口、自適應(yīng)規(guī)劃策略。它支持動態(tài)調(diào)用定制化資源、組合復(fù)雜工作流(如循環(huán)與并行操作),并能基于生物醫(yī)學(xué)知識持續(xù)優(yōu)化研究計(jì)劃。
性能表現(xiàn)
基準(zhǔn)測試:在人類最后考試(HLE)中,準(zhǔn)確率達(dá)到17.3%,遠(yuǎn)高于基礎(chǔ)大語言模型的6.0%;在LAB-Bench數(shù)據(jù)庫問答(DbQA)任務(wù)中,準(zhǔn)確率達(dá)到74.4%,與人類專家水平(74.7%)相當(dāng);在序列問答(SeqQA)任務(wù)中,準(zhǔn)確率達(dá)到81.9%,超過人類表現(xiàn)的78.8%。
實(shí)際任務(wù):在變異優(yōu)先級排序、藥物重定位等8類任務(wù)中,性能較基礎(chǔ)大語言模型提升402.3%,顯著優(yōu)于同類工具。
應(yīng)用案例
可穿戴設(shè)備數(shù)據(jù)分析:解析了458份傳感器數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)餐后平均體溫升高2.19℃的現(xiàn)象及個體代謝差異。
多組學(xué)研究:處理了33萬+條測序數(shù)據(jù),驗(yàn)證了已知基因調(diào)控關(guān)系,并發(fā)現(xiàn)了AUTS2等新轉(zhuǎn)錄因子。
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì):在基因克隆任務(wù)中,生成的實(shí)驗(yàn)方案準(zhǔn)確性達(dá)到人類專家水平。在實(shí)際實(shí)驗(yàn)室操作中,按照其方案成功完成克隆,測序結(jié)果與預(yù)期完全匹配。
相關(guān)鏈接
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.30.656746v1.full
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